La surface totale des lacs et étangs de Rhône-Alpes avoisine les 700 km², la majorité de cette surface étant représentée par les grands lacs naturels : le Lac Léman, le Lac du Bourget, le Lac d'Annecy, le Lac de Paladru et le Lac d'Aiguebelette. Ces étendues d'eau stagnante sont généralement alimentées par un tributaire (cours d'eau affluent) et se déversent dans un exutoire (cours d'eau effluent). Les lacs sont essentiellement issus d'une dépression du substratum géologique, d'origine glaciaire le plus souvent. Principalement présents dans les zones de basse vallée, certains grand lac créés par la main de l'homme dans le cadre de la production d'éléctricité se situent en altitude. On notera les lacs du Chevril (Tignes), du Mont Cenis et le lac de Serre-Ponçon. Les étangs, souvent artificiels, proviennent pour la majorité de la présence d'un substratum argileux imperméable associé à la présence d'une digue au niveau de l'exutoire. Les étangs peuvent également être issus de l'affleurement de la nappe phréatique, ce qui est généralement le cas des gravières (étang artificiel issu de l'exploitation des granulats en zone alluviale). Les étangs et les lacs naturels se différencient par la profondeur maximale du plan d'eau, bien que la surface soit souvent retenue pour différencier ces deux types de milieux. Ils comportent en outre des caractéristiques semblables en terme de végétation rivulaire, essentiellement composée de poacées (ex : Phragmite), typhacées (ex : Massette), cyperacées (ex : Carex sp.) et autres hélophytes (Iris des marais, Menthe aquatique, Renoncule aquatique, Rubanier dressé, ...). Consécutives à ces formations végétales apparaissent les forêts de bois tendre : essences d'arbres hygrophyles telles que le Saule blanc, le Saule cendré, l'Aulne glutineux pour les plus représentatifs. La végétation aquatique est constituée d'espèces hydrophytes telles que le Nénuphard blanc, le Potamot nageant et la Renouée vivipare entre autres. Etangs et lacs abritent de nombreuses espèces de manière transitoire (dans le cadre de la reproduction pour les migrateurs) ou permanente (espèces dites “sédentaires”). Ces espèces appartiennent à des groupes systématiques très divers : reptiles (couleuvres à collier et lézards verts), amphibiens (anoures et tritons), insectes (les odonates étant les plus caractéristiques), oiseaux (canards plongeurs et de surface, ciconiiformes, foulques, grèbes pour les plus courant). Le système d'étangs des Dombes acceuille par exemple plus de 20000 Anatidés et Foulques avec 8 espèces différentes de canards. Concernant la faune piscicole, les lacs abritent une grande variété de poissons : cyprinidés (carpes, brêmes, gardons, tanches), salmonidés (truite lacustre, omble chevalier, lavaret, omble de fontaine), persidés (perche, sandre) et autres carnassiers tels que le brochet. Les étangs comportent une biodiversité piscicole moindre puisque peu profonds, ils subissent une augmentation importante de la température de l'eau et une diminution généralement élevée du taux d'oxygène dissout en période estivale. C'est pourquoi seul les espèces très tolérantes à ces facteurs sont présentes (cyprinidés, persidés).
Les milieux humides et les milieux aquatiques sont d'une grande diversité et comportent un fonctionnement très complexe. Les milieux aquatiques englobent l'ensemble des réseaux hydrographiques, les lacs et les étangs. Les Zones Humides, ou Milieux humides, sont essentiellement représentés en région Rhones-Alpes par les marais et les tourbières et jouxtent généralement les cours d'eau, les étendues d'eau et les sources. Outre leur rôle de réservoir colossal pour la ressource en eau, les milieux aquatiques sont largement exploités pour la production d'énergie, l'agriculture et l'activité de pêche. Les milieux humides, pourvus d'une forte productivité et milieux acceuillant une biodiversité exceptionnelle puisqu'à l'interface du monde aquatique et terrestre, sont solicités par le monde agricole, mais également pour la pêche et la chasse du gibier d'eau.
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Cours d'eau ...
Etangs et lacs...
Marais et Tourbières...
En région Rhône-Alpes, le linéaire des cours d'eau est estimé à plus de 60 000 km, représenté par le Rhone et son système d'affluents (Saône, Ain, Isère et Ardèche entre autres). Leur morphodynamisme varié constitue une mosaïque d'habitats riche, et permet ainsi une grande biodiversité piscicole. Les cours d'eau ont une morphologie bien distincte en fonction de leur distance à la source, mais également en fonction du substratum sous-jacent. Ainsi, près des zones de source, généralement situées en haute montagne, les cours d'eau sont essentiellement représentés par les torrents constituant les zones d'érosion et d'arrachage des matériaux sous-jacents. A ce niveau, les peuplements piscicoles sont faibles et limités aux juvéniles d'espèces exigeant une qualité d'eau importante et une forte oxygénation telles que la Truite fario. Le substrat y est essentiellement minéral et grossier. En aval commencent les zones de tressage des cours d'eau, zone à forte transformation hydromorphologiques puisque le substrat est alternativement déposé puis arraché, entrainant une modification constante du profil du cours d'eau. On y retrouve généralement la Truite fario adulte, le Chabot et des espèces végétales pionnières telles que le Saule blanc et le Saule pourpre. Dans la partie apicale des cours d'eau jusqu'aux zones d'estuaire, le phénomène de dépot domine d'où une stabilisation du profil de la rivière sous forme de chenal ou de structure en anastomose avec substrat fin. Les espèces de cyprinidés (poissons blancs tels que le Chevesne, le Barbeau ou la Brême) y sont prédominantes, ainsi que les carnassiers tels que le Brochet ou la Perche. Les essences végétales implantées sur les berges sont exigentes en terme de stabilité et essentiellement représentées par les Peupliers et Bouleaux. La qualité écologique d'un cours d'eau se mesure à travers la qualité physico-chimique de l'eau et la diversité en habitats au sein du lit mouillé, mais également par la qualité de ses berges (densité, nature des essences) et par sa connectivité longitudinale (essentielle dans le cadre du cycle biologique des poissons migrateurs).
Ces zones humides sont issues d'une évolution naturelle des plans d'eau et étangs selon le phénomène d'atterrissement : le cours d'eau tributaire du plan d'eau charie avec lui une quantité non négligeable de particules fines organiques (débris végétaux) et minérales (d'origine détritique). Ces particules s'accumulent pour former un substratum relativement stable, immergé à quelques centimètres. Ce substratum va rapidement être colonisé par les hydrophytes puis les hélophytes qui augmentent cette capacité de capture des sédiments transportés et accélèrent le phénomène. En fonction des conditions climatiques (température essentiellement) et de la teneur en matière organique de l'eau, le plan d'eau se transforme, à échelle géologique, en marais ou tourbière. Le stade ultime de ce type de formation est la forêt alluviale consécutive au stade de prairie humide. Les zones de marais se disposent pour la plupart latéralement aux cours d'eau, au sein du lit majeur (ancien lit glaciaire) au niveau duquel la nappe phréatique est très superficielle voir affleurante ou aux alentours des lacs naturels de basse altitude. Ce sont des zones qui, contrairement aux prairies humides ou innondables, restent l'essentiel de l'année en eau, bien que la végétation luxuriante de ce type de formation masque souvent la présence de l'élément sous une couche aérée de litière organique. A l'image de la végétation rivulaire des lacs et étangs, sa flore est essentiellement composée de Phragmites, Massettes et carex (ceux-ci se présentent sous la forme de “touradon” dans ce type de milieu). Ils participent à l'épuration des eaux et constitutent une zone d'abri essentiel pour les oiseaux et amphibiens migrateurs ou sédentaires dans le cadre de la reproduction. Les tourbières se distinguent des marais par leur moindre capacité biogénique (température de l'eau et pauvre en matière organique), ainsi que par un phénomène d'attérissement apical (comblement de l'étang par le haut suite à la prolifération de végétaux flottants caractéristiques). On distingue cinq grands types de tourbières en fonction de la topologie du substratum et leur mode d'alimentation, mais elles sont généralement classées en fonction du pH du milieu. Les végétaux qu'elles abritent sont extrêmement adaptés, on notera l'exemple des Grassettes et Drosera qui s'approvisionnent en matières azotées en capturant de petits insectes sur leurs feuilles. Les tourbières sont essentiellement composées de mousses telles que la sphaigne et de tourbe correspondant à de la litière végétale peu ou pas dégradée gorgée d'eau (aspect noirâtre, fortement chargés en humine). Ces mousses sur tourbe constituent quelquefois de véritables îlots flottants séparant des gouilles d'eau. Ces milieux abritent des espèces patrimoniales telles que le Triton alpestre ou crêté, ainsi que de nombreuses espèces d'odonates tels que l'Agrion porte hache ou l'Anax empereur.
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Les milieux humides
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